Фінансування ДФС України здійснюється відповідно до Порядку складання, розгляду, затвердження та основних вимог до виконання кошторисів бюджетних установ, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 28.02.2002 № 228 (зі змінами).
Обсяг видатків згідно з розписом Державного бюджету України на січень-липень 2019 року на утримання Державної фіскальної служби України за усіма бюджетними програмами, а саме за загальним фондом бюджету складає 5 619 784,5 тис. грн, у тому числі за основною бюджетною програмою 3507010 «Керівництво та управління у сфері фіскальної політики» 5 498 569,5 тис. гривень.
Станом на 01.08.2019 органи Державної фіскальної служби України та підвідомчі бюджетні установи профінансовані відповідно до затверджених кошторисних призначень за загальним фондом на 98,1 відсотки.